ภายในมหาวิหารมีที่ฝังศพกว่าร้อยที่ บางที่อยู่ภายในถ้ำวาติกัน (Vatican grotto) ซึ่งอยู่ภายใต้มหาวิหาร ภายในถ้ำมีพระสันตะปาปาฝังไว้ 91 องค์ บุคคลสำคัญที่ฝังภายในมหาวิหารก็มี

• นักบุญอิกเนเชียสแห่งแอนติออก (St. Ignatius of Antioch)
• จักรพรรดิออทโทที่ 3 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์
• โจวันนี ปีแอร์ลุยจี ดา ปาเลสตรีนา (Giovanni Pierluigi da Palestrina) - คีตกวี
• เจมส์ ฟรานซิส เอ็ดเวิร์ด สจวต (James Francis Edward Stuart) และโอรสอีกสององค์ ผู้หนีภัยจากอังกฤษ
• ชาลส์ เอ็ดเวิร์ด สจวต (Charles Edward Stuart) - โอรสของเจมส์ ฟรานซิส เอ็ดเวิร์ด สจวต
• เฮนรี เบเนดิกต์ สจวต (Henry Benedict Stuart) - โอรสของเจมส์ ฟรานซิส เอ็ดเวิร์ด สจวต
• สมเด็จพระราชินีนาถคริสตีนาแห่งสวีเดน (Christina of Sweden) ผู้สละราชสมบัติเพื่อเปลี่ยนมานับถือนิกายคาทอลิก